Menekültügyi segítő tevékenységünk a rendszerváltás idején kezdődött. A volt NDK-ból 1989-től nagyszámú menekültáradat indult meg, amelyet a szintén 1989-ben bekövetkezett román forradalom miatt Magyarországra jövők, majd 1991-től a volt Jugoszlávia területén kitört délszláv válság hazánkba özönlő menekültek áradata tetézett.  A Romániából és az NDK-ból érkező menekültek számára a csillebérci táborban létesített ideiglenes befogadó központot az MVK.

Az 1951-ben földrajzi fenntartással ratifikált Menekültügyi Egyezmény korlátozását szintén 1989-ben oldotta fel Magyarország. Ezen felül, még Európán kívüli országokból is folyamatosan érkeztek a menedékkérők. Ebben a rendkívüli helyzetben nyitotta meg a Magyar Vöröskereszt a menekült segítőotthonát, ahol egy 100 fős menekült-otthon és raktárak kaptak helyet.

A Menekültszolgálat és a segítőotthon biztosította az ott elhelyezett menekültek gondozását, pszichoszociális támogatását, továbbá közreműködött Vöröskeresztes útlevél beszerzésében és a családegyesítésükben. A szervezet emellett integrációs és képzési programokat szervezett, ügyfélszolgálatot tartott fenn, ahol jogi tanácsadást vehettek igénybe a menekültek. A Magyar Vöröskereszt ezen felül, segítette a közintézményekkel való kapcsolattartást, a szociális segélyek kiutalását, a lakás és munkahelyszerzést, illetve a társadalomba való beilleszkedést. A szervezet keresőszolgálata mindeközben felkutatta az egymástól elszakadt családtagokat és folyamatosan továbbította a menekültek vöröskeresztes üzeneteit (RCM – Red Cross Messages) a háború sújtotta területekre. A balkáni háborúk érintettjeinek például közel 18.000 üzenetet juttattak el. Széleskörű együttműködés folyt továbbá a menekültügyi hatóságokkal és a nemzetközi szervezetekkel (Bevándorlási és Menekültügyi Hivatal, az ENSZ Menekültügyi Főbiztosának Hivatala, Nemzetközi Migrációs Szervezet, Európai Menekültügyi Tanács, Európai Bizottság Humanitárius Segélyek és Polgári Védelem Főigazgatósága, Vöröskereszt Nemzetközi Bizottsága, Vöröskereszt és Vörösfélhold Társaságok Nemzetközi Szövetsége), valamint a társ civil szervezetekkel (Magyar Helsinki Bizottság, Cordelia Alapítvány, Menedék – Migránsokat Segítő Egyesület, Mahatma Gandhi Emberi Jogi Egyesület).

A Menekültszolgálat és segítőotthon az EU-csatlakozás után 2004-ben bezárta kapuit. A menekülteket és migránsokat azonban továbbra is adományokkal és pszicho-szociális segítségnyújtással támogatták az MVK területi szervezetei. Az MVK 2006-tól megfigyelőként vett részt az EU Vöröskereszt Szervezetek Menekültügyi Platformjának értekezletein, majd 2010-ben teljes jogú tagként felvételt nyert a hálózatba. Ugyancsak 2009-ben került sor az ENSZ Menekültügyi Főbiztosának Hivatala (UNHCR) magyarországi képviselőivel a korábban meglevő kapcsolat újrafelvételére. A vármegyei vöröskereszt szervezeteknél végzett felmérés alapján az UNHCR átfogó tájékoztatást kapott az MVK menekülteket segítő tevékenységeiről, a határrendészeti kirendeltségek és befogadó állomások lakóinak támogatásáról. Egy világméretű folyamat részeként az UNHCR 2009-ben ötödik alkalommal szervezett „Nem, Kor, Sokszínűség” című, részvételen alapuló felmérést a magyarországi menekültek és menedékkérők helyzetének vizsgálatára és a jogokra épülő, közösségi alapú menekültvédelem megvalósulására irányuló javaslatok kidolgozására. A felmérésbe az MVK is meghívást kapott. Szervezetünk azóta több alkalommal vett részt a programban. 2011-ben az MVK az Európai Bizottság által létrehozott Európai Migrációs Hálózatba is tagfelvételt nyert és rendszeresen részt vesz annak programjain, valamint a hazai migrációs kérdéseket érintő megbeszéléseken. 2011 szeptemberében, hosszas egyeztetés után együttműködési megállapodás született a Bevándorlási és Menekültügyi Hivatal és a Magyar Vöröskereszt között a menekültekkel, migránsokkal kapcsolatos feladatok összehangolása érdekében.

A 2010-es években, bár változó intenzitással, de folyamatosak a menekültszolgálati tevékenységek. Folyamatos az elismert menekültekkel való kapcsolattartás, az integráció segítése, továbbá a szükségletfelmérés és az adományosztás a menekülteket és migránsokat befogadó intézményekben.